指数基金的投资运作实际上就是购买指数的成份股票（或其他证券）来跟踪指数的过程，其中主要包括建仓、再投资和跟踪调整等。具体可归纳为以下几个方面：
第一、所跟踪标的指数的选择。不同的指数基金具有不同的收益与风险预期，因此也要选择不同的标的指数来满足基金投资的需求，既可以选择反映全市场的指数作为跟踪目标，以获取市场的平均收益，也可以选择某一特定类型的指数作为跟踪目标。
第二、投资组合的构建。在确定了标的指数之后,就可以构建相应的投资组合，按照一定的比例买入构成相应指数的各种证券。考虑到建仓成本与效率等因素，可以采取完全复制、分层抽样、行业配比等方法进行投资组合的构建。完全复制是一种完全按照构成指数的各种证券以及相应的比例来构建投资组合的方法；而分层抽样和行业配比都是利用统计原理选择构成指数的证券中最具代表性的一部分证券而不是全部证券来构建基金的投资组合。
第三、组合权重的调整。通常情况下标的指数的成份股会进行定期和不定期的调整，而新股的加入和原有股票的增发、配股等因素都会引起标的指数中的各成份股票的权重发生改变，因此指数基金也必须及时作出相应的调整，以保证基金组合与指数的一致性。
第四、跟踪误差的监控和调整。跟踪误差是指数基金的收益与对应标的指数收益之间的差异。治理人需及时度量、监测这种差异，确保这种差异稳定地保持在一定的范围之内。
